Kinderen en jongeren die bij de Bascule in behandeling zijn, gaan gewoon naar school. Vaak gaan ze naar hun eigen school, maar soms is dat niet mogelijk. De Bascule heeft twee scholen voor speciaal onderwijs voor kinderen van vier tot twaalf jaar: de Pionier en de Professor Waterinkschool. Voor jongeren van twaalf tot achttien jaar verzorgt het Altra College het onderwijs. De behandelaars van de Bascule werken intensief samen met de medewerkers van de scholen.

De Professor Waterinkschool verzorgt ook het onderwijs voor kinderen van het Medisch Orthopedagogisch Centrum ’t Kabouterhuis in Amsterdam Noord, West, Zuid en Zuidoost. Ook voor kinderen die het Medisch Kinderdagverblijf De Kleine Prins in Purmerend bezoeken, verzorgt de Professor Waterinkschool het onderwijs.